さて、そのうち書こうと思いつつ、全然書いていなかったエオルゼア12神についてです。
暁月のネタバレを含むので以下、白文字にて記載します。
やってない方は見ないでね。

※私個人の推測なので、公式見解ではありません。※
さて、早々に謎へ突っ込んでいきましょう。
(エオルゼア12神の元ネタについては作中で語られているので割愛しますが…。)
何故、12神が己の存在を消すという行動に至ったのか?についてです。
これについては暁月メジャーパッチに遡る事になります。
ゾディアーク創造に際し、ハイデリン派の回答である
のちの人類(平たく言えば現代人)にアーテリス(エオルゼア)を委ねるべき
…という部分が関わっていると考えています。
話は終末が訪れ、被害は出たものの何とか終息したのアーテリス。
古代人の大半がゾディアークの素材となり、消えうせた世界。
・ゾディアークが主体としてアーテリスを管理し、再び理想郷の中で永遠を謳歌し続ける
これに対して、ハイデリン派の意見、もといヴェーネスの考えは恐らく…
「問題の根本的解決(メーティオンやヘルメスの問い)を放棄してしまっているので受け入れられない」(元凶と真相を知ってるのはヴェーネスのみなので当然)
だと思われます。
余談ですが、終末時点で上書きを逃れて「英雄」を記憶しうる古代人の存在がとして、数人が疑われています。
・ヴェーネス(ハイデリン派は最低限しか知らない)
・テミス(エリディブス)
・へファイトス(ラハブレア)
・エリクトニオス
※後ろ三名はヘリオスによる上書きの制約(ここ数日間の記憶の消去)から除外されないと、エリクトニオスが最後に主人公の名前を挙げたい理由と辻褄が合わなくなる。※
話を戻して…、アーテリスだけ守って引き籠っても何の意味もないし、古代人(13人委員会だっけ?)には今回の困難に際してセルフ輪廻転をするだけの世界を良しとして、過去を繰り返す気しか無いのです。
※ゾディアーク・ハイデリンについてはまた個別に書きだしたいので今回は割愛。
こっちはこっちで…どちらも設定が面白そうなのです…。※
ヴェーネス派はのちの人類に希望(ヘルメスの問い・人は生きる価値があるのか?の答え)を残す為に袂を分かちます。ここで恐らく12神に関わる取り決めが発生します。
・新しい人類への(極力)不干渉
古代人であるヴェーネス達がアレコレ手ほどき・導いたら、生きるに足る云々もありますが、
頑張って倒して否定したゾディ―アーク派から以下のように言われるでしょう。
「お前ら新しい人類に委ねるとか言いながら、自分が神様気取りで統治したいだけじゃねーか!!」
そう、ハイデリン派(12神)が現代人に手を出したりすると、やってることが理想郷(アーテリス)を管理して存続させよう・良くしよう(現代においては世界を統合してもとに戻そう)としたゾディ―アーク派と大差ないのです、これは避けなければならない。
「お前たちの信じるエオルゼア12神、あれなんていい例だ」でしたか…?
恐らく、これもあってエメトセルクが最後に残した言葉の1つに皮肉があったわけですね。
12神が干渉を強めていたら、もっと強烈な皮肉に変わっていたことでしょう。
アーテリスの外では終末は着々と続いている、問題解決の先延ばしをしているにすぎなかったのです。
古代人には解決できなかった問題解決(デュナミスに関しては適性がほぼない?)をしなければならない。
あくまでも現代人がエオルゼア(アーテリス)を生かしていかねばならないし、生き続け、古代人を凌駕していく事がゾディ―アーク派(アシエン)へヴェーネス派の示す、未来に託すという回答になるのではないでしょうか?
(結果として、現代人がデュナミスの力で古代人を凌駕できなければアシエンに敗れ、そのまま世界が統合できしたとしても、いずれ宇宙からのデュナミスを抑えきず、エーテル万歳の古代人にはメーティオン相手に有効手段が打てないので滅ぶしかないのです。)
少し脱線しましたが、12神は手出しする事自体が禁忌というか…
現代人にのみ残された問題を解決する意思の力(デュナミス適性)を消す恐れもあったし、アシエンからほら見た事かと言われ、立つ瀬もなくなるので手出しできないわけですね。
そして迎えた現代人終末騒動、現代人はデュナミスの適性を使いメーティオンに答えを示す、いわばヘルメスの問いである、現代人は生きるに値する存在である事を示したと。(ここについては恐らく)
現代人は古代人を凌駕したという事を終末騒動を超える事で示した事でゾディ―アーク派の思い、
アーテリスを守るだとか云々を納得させ、ヴェーネス派の未来の人類はつえーから、彼らに任せて古代人は全員お役御免してエーテルに還れという事が起きました。
じゃあ12神は…?
…信仰として名だけ残りましょう。
せっかく綺麗に片付いたのに古代人のかけらみたいな12神が居座る意味もない。
導くこともできないし、それは意思に反する。ゾディアーク派から星海リバースからの全力ダッシュパンチの総ツッコミ食らうだけだし。
そもそも古代人より強い存在だわ…じゃあエーテルに還りましょ。
これがエオルゼア12神が主人公達に存在を消してくれと頼んだ理由だったのではないでしょうか?
余談ですが恐らく地脈うんぬんとかの制御は人類には無理と察したのか機械で自動制御らしいです?
(というか、古代人は制御してたのか?)
あれが狂えばもうひと悶着ありそうですが…一人だけ現代人として居座ってるから、話の展開としてその可能性はある。
ああ・・・目がしょぼしょぼしてきた・・・眠くてしっかり書けてるか自信がないw